随着巧克力囊肿不断增大，对周围正常组织脏器（如卵巢、输卵管、膀胱、肠道等等）的推挤、压迫、粘连，导致一系列的临床症状，其中以巧克力囊肿所附在的卵巢影响最大。因巧克力囊肿的推挤、破坏，且多囊者常见，导致卵巢正常组织破坏、减少，导致卵巢相关内分泌功能受损，出现月经紊乱（如经期延长、淋漓不尽等）及卵巢储备功能减退，导致患者不孕不育。

巧克力囊肿明显增大后，可能出现卵巢蒂扭转，导致卵巢及巧克力囊肿急性缺血坏死、疼痛，严重者需紧急妇科手术切除卵巢及巧克力囊肿。极少数情况可出现巧克力囊肿破裂，极可能导致子宫内膜组织在盆腔播散种植转移。

巧克力囊肿推挤压迫导致输卵管堵塞、积液，还有长时间对肠道压迫导致肠道粘连，出现粘连性不全性肠梗阻，导致腹部绞痛、腹胀、呕吐、排便不畅等情况。

因此发现巧克力囊肿后应高度重视，及时就诊，正规处理，以免延误病情，导致卵巢功能衰退、不育不孕等严重并发症。

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